Tıpta çok yaygın olarak kullanılan klorheksidin bilinen en etkili mikrop öldürücülerindendir. Uygulandığı alanda mikropların % 99.9 unu öldürdüğü ve bunu yaparken canlı dokuya hiçbir zarar vermediği konusunda çok sayıda bilimsel çalışmalar vardır (bknz bilimsel çalışmalar). Sadece bakteriler değil mantar ve virüsleri de öldürücü etkiye sahiptir. Diğer mikrop öldürücülerden en önemli farkı doku ve ameliyat bölgesine zarar vermemesidir. Yani kullanıldığı bölgede toksik etkiye sebep olmaz, karın içi organ ve bağırsakların yıkanabileceği kadar güvenli olduğu yönünde bilimsel çalışmalar yapılmıştır.
Tıpta bir çok alanda kullanılmaktadır;
-Saç ekimi sonrası pansuman ve yıkama (jel)
-Diş implantı uygulaması sonrası ağız dezenfeksiyonu (gargara)
-Ameliyat sonrası pansuman (jel veya solusyon)
-Sakal ekimi sonrası yıkama ve pansuman (jel)
-Cilt dezenfeksiyonu (solusyon)
-Ameliyat yeri dezenfeksiyonu (sıvı sabun-solusyon)
-Cerrahi aletlerin sterilizasyonu (konsantre solusyon)
-Karın içindeki iltihabi durumlarda karın içinin yıkanması (serumla sulandırılmış)
-Cerrahların ameliyat öncesi el yıkaması (sıvı sabun)
-Endoskopi cihazlarının sterilizasyonu (konsantre solusyon)
Bilimsel çalışmalarda klorheksidin ( chlorhexidin ) uygulandığı alanda
Bakterisit (mikropların ölmesi)
Virüsit (virüslerin ölmesi)
Sporosit (yumurtaların ölmesi)
Anti mikotik (mantarların ölmesi)
etkileri olduğu ve uygulandığı alanda ideal düzeyde dezenfeksiyon sağladığı kanıtlanmıştır. Bu etkileri hakkında ayrıntılı bilgi için bilimsel çalışmalar kategorisindeki konular incelenebilir.